La méthode du JRC distingue la grippe aviaire de la grippe saisonnière dans les eaux usées
Le Centre commun de recherche de la Commission européenne affirme que son approche par PCR numérique permet de déterminer si la grippe détectée dans un échantillon d'eaux usées est aviaire ou saisonnière.
Illustration IALe Centre commun de recherche (JRC) de la Commission européenne a mis au point une méthode de laboratoire permettant de déterminer si le virus grippal détecté dans un échantillon d'eaux usées relève de la grippe saisonnière ou de la grippe aviaire. Le JRC indique que cette approche aidera les autorités nationales de surveillance de l'UE à suivre les agents pathogènes préoccupants pour la santé publique.
Selon le JRC, la plupart des tests d'eaux usées actuellement utilisés pour suivre les virus de la grippe saisonnière A et B détectent également les virus de la grippe aviaire. Il est donc difficile de savoir si une détection reflète la circulation de virus saisonniers parmi la population ou celle de souches de grippe aviaire potentiellement préoccupantes.
La nouvelle méthode repose sur une PCR (numérique) en double duplex. Elle associe le test CDC Flu SC2, qui détecte largement les virus grippaux, à la méthode duplex JRC-HA/JRC-MP, qui distingue les virus aviaires des virus saisonniers. Le JRC a mis au point ce duplex en 2025. Il exécute deux tests simultanément : JRC-HA cible le matériel génétique de la grippe aviaire hautement pathogène (H5N1 clade 2.3.4.4b), tandis que JRC-MP cible une partie conservée du génome de la grippe A afin de confirmer la présence d'un virus grippal.
Le JRC indique que les tests combinés permettent de détecter la grippe saisonnière et le virus aviaire simultanément, même lorsque les deux sont présents dans le même échantillon à de très faibles niveaux. Il ajoute que cette approche complète la surveillance clinique et vétérinaire existante. La méthode est déjà appliquée à la surveillance des eaux usées en Lombardie, dans le nord de l'Italie.
Pour cette étude, le JRC a travaillé avec le laboratoire de référence de l'UE pour l'influenza aviaire et la maladie de Newcastle, l'Istituto Superiore di Sanità et l'Université de Milan-Bicocca.
Ces travaux font suite à la forte hausse des cas d'influenza aviaire hautement pathogène chez les oiseaux sauvages en Europe d'octobre à décembre 2025, selon le JRC, qui a entraîné de nombreux foyers dans les élevages de volailles et une transmission aux mammifères. Le virus a continué de circuler pendant l'été, à un rythme moindre. Le JRC précise que le risque de transmission à l'humain reste faible, mais qu'un suivi continu de l'évolution du virus est essentiel.
La directive révisée relative au traitement des eaux urbaines résiduaires impose aux États membres de l'UE de surveiller certains agents pathogènes préoccupants pour la santé publique, dont les virus grippaux, via leurs systèmes nationaux de surveillance. Comme les virus grippaux circulent entre les humains, les animaux et l'environnement, selon le JRC, des tests sensibles sur les eaux usées peuvent servir de système d'alerte précoce et aider les autorités sanitaires et vétérinaires à réagir plus vite.